Στο πλαίσιο Προγραμματικής Σύμβασης μεταξύ του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού (ΥΠΠΟΑ) με το Πολυτεχνείο Κρήτης εκπονήθηκε ερευνητικό πρόγραμμα –το οποίο χρηματοδοτήθηκε από το ΥΠΠΟΑ- με στόχο την ιστορική και τεχνολογική τεκμηρίωση των μελετών ωρίμανσης των έργων, αποκατάστασης και επανάχρησης των Δυτικών και Ανατολικών Νεωρίων, στο Ηράκλειο.
Αντικείμενο του ερευνητικού προγράμματος, το οποίο έλαβε τη θετική γνωμοδότηση του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου, είναι η αποτίμηση της υπάρχουσας κατάστασης, της σεισμικής συμπεριφοράς των επιμέρους κτηρίων του συγκροτήματος των Νεωρίων -Δυτικά και Ανατολικά Νεώρια, Δυτική Αποθήκη, Αποθήκη Άλατος και Δεξαμενή Τζάνε- η αντιμετώπιση των προβλημάτων που παρουσιάζουν, καθώς και η ένταξη νέων χρήσεων σε αυτά. Η ερευνητική ομάδα, που εκπόνησε το πρόγραμμα, αποτελείται από καθηγητές του Πολυτεχνείου Κρήτης, από ερευνητές και άλλων ελληνικών ΑΕΙ, καθώς και του Πανεπιστημίου Ca’ Foscari της Βενετίας.
Βάσει των αποτελεσμάτων του ερευνητικού προγράμματος επί των κτηρίων: Η Δυτική αποθήκη, η οποία προτείνεται να στεγάσει σημείο ενημέρωσης επισκεπτών, βρίσκεται σε ιδιαιτέρως κακή κατάσταση και κρίνεται πρόσφορη η διατήρηση μόνο του ισογείου. Στα Δυτικά Νεώρια, οι επεμβάσεις που έχουν γίνει έχουν αντιμετωπίσει τα βασικά δομικά προβλήματα του συγκροτήματος. Τα Δυτικά Νεώρια θα επαναχρησιμοποιηθούν ως εκθεσιακοί χώροι με βασική θεματική τη ναυπηγική τέχνη. Στην Αποθήκη Άλατος, η οποία θα στεγάσει περιοδικές εκθέσεις και εκδηλώσεις, προβλέπεται η κατασκευή αναβατορίου για χρήση ΑμεΑ. Τόσο η Αποθήκη, όσο και η Δεξαμενή Τζάνε, στην οποία θα φιλοξενείται έκθεση με θέμα τα δημόσια έργα της Βενετοκρατίας, δεν αντιμετωπίζουν σοβαρά δομικά προβλήματα. Τα Ανατολικά Νεώρια διατηρούνται σε αρκετά καλή κατάσταση, παρά την κατά τόπους διάβρωση λόγω του θαλάσσιου περιβάλλοντος του μνημείου και της ατμοσφαιρικής ρύπανσης. Τα Ανατολικά Νεώρια πρόκειται να στεγάσουν υπαίθριες πολιτιστικές δραστηριότητες. Ως προς τον περιβάλλοντα χώρο των μνημείων, προτείνεται η ενοποίηση και αξιοποίησή του προς όφελος του κοινού, αποκαθιστώντας τη διάσπαση της συνοχής του ιστορικού συνόλου, απομακρύνοντας οχλούσες χρήσεις και αποκαθιστώντας την ασφαλή πρόσβαση των πεζών. Η ήπια προσέγγιση ως προς τις προτεινόμενες χρήσεις, με την ένταξη απλής μορφής κατασκευών εντός των θόλων, επιτρέπει τη διατήρηση και προστασία των ιστορικών κατασκευών. Οι θέσεις στα υψηλότερα σημεία στα Δυτικά Νεώρια και επί της Αποθήκης Άλατος, αλλά και το δώμα της Δεξαμενής Τζάνε προβλέπονται ως χώροι ανάπαυσης των επισκεπτών. Η πρόταση ανάδειξης του μνημειακού κτηριακού συγκροτήματος προβλέπει εξωτερικό και εσωτερικό φωτισμό.
Τα Νεώρια κατασκευάστηκαν επί Ενετοκρατίας μεταξύ 13ου και 16ου αι. Αφού συμπλήρωσαν τους φυσικούς βραχώδεις σχηματισμούς για τη διαμόρφωση λιμενοβραχιόνων, οργάνωσαν τον λιμένα του Χάνδακα για την ασφαλή διακίνηση του εμπορίου. Ο λιμένας εντάχθηκε στην οχύρωση της πόλης και κατασκευάστηκαν το Φρούριο της Θάλασσας, τα Νεώρια, η Δεξαμενή και η Αποθήκη Άλατος. Στα τρία συγκροτήματα Νεωρίων κατασκεύαζαν, επισκεύαζαν και διατηρούσαν τις βενετσιάνικες γαλέρες. Πρώτο οικοδομήθηκε το συγκρότημα των Arsenali Antichi (Αρχαία Νεώρια) το 1451, όπου σήμερα στεγάζονται υπηρεσίες της Περιφέρειας Κρήτης. Μεταξύ 1552 και 1556 κατασκευάστηκε δυτικά του λιμένα, ένα ακόμη συγκρότημα Νεωρίων, τα Arsenali Vecchi (Παλαιά Νεώρια). Στην ανατολική πλευρά ανεγέρθηκαν μεταξύ 1556 και 1609, τα συγκροτήματα των Arsenali Nuovi και Nuovissimi (Νέα και Νεώτερα Νεώρια). Δυτικά των Arsenali Nuovi-Nuovissimi, στο κενό που διαμορφώθηκε μεταξύ των Νεωρίων και της μεσαιωνικής οχύρωσης κατασκευάστηκε η μεγαλύτερη Δεξαμενή νερού της πόλης (Cisterna). Τα επιμέρους κτήρια του συγκροτήματος του 15ου – 17ου αιώνα, λόγω της κακής κατάστασης διατήρησής τους, πρέπει να αποκατασταθούν άμεσα.
