Το Σάββατο 5 Φεβρουαρίου 2022 έγινε η Εθνρόνιση το Αρχιεπισκόπου Κρήτης κ.κ. Ευγένιου στον Μητροπολιτικό Ναό Αγίου Μηνά στο Ηράκλειο. Στην τελετή παρευρέθηκαν ο Πρωθυπουργός, Κυριάκος Μητσοτάκης, η υπουργός Παιδείας και Θρησκευμάτων, Νίκη Κεραμέως, ο Προέδρος του Κινήματος Αλλαγής Νίκος Ανδρουλάκης, ο υπουργός Νησιωτικής Πολιτικής Γιάννης Πλακιωτάκης, και ο υφυπουργός Πολιτισμού και Αθλητισμού Λευτέρης Αυγενάκης.
Το Οικουμενικό Πατριαρχείο εκπροσώπησαν ο μητροπολίτης Αυστρίας Αρσένιος και ο μέγας πρωτοσύγκελος των Πατριαρχείων Θεόδωρος (που κατάγονται από την Κρήτη) ενώ παραβρέθηκαν και εκπρόσωποι από το Πατριαρχείο Αλεξανδρίας, την Εκκλησία της Ελλάδας και την Εκκλησία της Κύπρου και εκπρόσωποι από το Όρος Σινά, επίσης 25 αρχιερείς, τόσο από την Ελλάδα όσο και από το εξωτερικό.
Στο εσωτερικό του ναού, όπου παρουσία περίπου 250 προσκεκλημένων, πραγματοποιήθηκε η ακολουθία της ενθρόνισης. Την ακολουθία τέλεσε ο ίδιος ο Αρχιεπίσκοπος, επικουρούμενος από 4 κληρικούς και 4 διακόνους. Ακολούθησαν οι προσφωνήσεις των εκπροσώπων του Οικουμενικού Πατριαρχείου και των άλλων Ορθόδοξων Εκκλησιών καθώς και του περιφερειάρχη Κρήτης Σταύρου Αρναουτάκη. Η τελετή ολοκληρώθηκε με τον ενθρονιστήριο λόγο του νέου Αρχιεπισκόπου.
Ο Πρωθυπουργός Κυριάκος Μητσοτάκης που παραβρέθηκε στην τελετή ενθρόνισης του Αρχιεπισκόπου Κρήτης κ. Ευγένιου στο Ηράκλειο δήλωσε:
«Σήμερα είναι μία ηλιόλουστη, χαρμόσυνη ημέρα για το νησί μας, καθώς η Μεγαλόνησος υποδέχεται το νέο της ποιμενάρχη, σύμφωνα με τις αποφάσεις του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Ο νέος Αρχιεπίσκοπος Ευγένιος είμαι σίγουρος ότι θα είναι ένας άξιος συνεχιστής της μακραίωνης, της βαριάς παράδοσης της Εκκλησίας της Κρήτης.
Είμαι σίγουρος ότι θα κομίσει αυτό το πνεύμα ανανέωσης που πάντα χρειάζεται η Εκκλησία, προκειμένου να ανταποκρίνεται στις προκλήσεις των καιρών που αλλάζουν. Θα κομίσει πνεύμα ενότητας αλλά και αισιοδοξίας και είμαι σίγουρος ότι θα στρέψει το βλέμμα του σε αυτούς που το έχουν περισσότερο ανάγκη.
Προσωπικά του εύχομαι ολόψυχα καλή δύναμη. Η πολιτεία, στα πλαίσια των διακριτών συνταγματικών ρόλων, θα στέκεται πάντα στο πλευρό της Εκκλησίας. Εξάλλου, όπως είπε και ο ίδιος, τον ίδιο λαό υπηρετούμε από διαφορετικές αφετηρίες.
Και εύχομαι πάντα για την Κρήτη μας οι καμπάνες να ηχούν τόσο χαρμόσυνα όσο ήχησαν σήμερα.
Εις έτη πολλά Δέσποτα.»
Ο Περιφερειάρχης Κρήτης Σταύρος Αρναουτάκης στην προσφώνησή του ανέφερε:
«Σεβασμιότατε Αρχιεπίσκοπε Κρήτης, κ.κ. Ευγένιε Πρόεδρε της Ιεράς Επαρχιακής Συνόδου της Εκκλησίας της Κρήτης
Ως Περιφέρεια Κρήτης, Σας υποδεχόμαστε σήμερα, στον Μητροπολιτικό Ναό του Αγίου Μηνά, έμπλεοι χαράς και συγκίνησης.
Γνωρίζοντας πως πορευθήκατε σε ολόκληρο τον ιερατικό σας βίο με την αγάπη των ανθρώπων και την απόλυτη εμπιστοσύνη στην Πρόνοια του Θεού, χαιρόμαστε που σήμερα βαδίζετε στα βήματα του Αποστόλου Τίτου, αναλαμβάνοντας την διαποίμανση της Εκκλησίας Του.
Καμαρώνουμε με τους πολίτες και το ποίμνιο της Εκκλησίας της Κρήτης, τη λεβεντιά, την αξιοπρέπεια, την υποδειγματική αφοσίωση, την συνέπειά Σας στο επίταγμα της Αρχιερωσύνης.
Την εορτάσιμη ετούτη μέρα, μεταφέρετε μαζί σας στο Ηράκλειο, τον πλούτο των αρετών σας, αλλά και τις πολύτιμες ευχές του πληρώματος της Εκκλησίας της Κρήτης για υγεία, μακροημέρευση και αγλαόκαρπη διακονία.
Αλλά και τις ευχές που συνοδεύουν την πάνδημη προσφώνηση ΑΞΙΟΣ!, από το πρώτο άγγελμα της εκλογής σας ως Αρχιεπισκόπου Κρήτης, από το Οικουμενικό μας Πατριαρχείο.
Σεβασμιότατε,
Η δεκαετής συνεργασία που είχαμε μέχρι σήμερα, υπήρξε απόλυτα αποδοτική προς όφελος της κοινωνίας του Ρεθύμνου.
Συνεργασία που θα συνεχιστεί με ειλικρίνεια και αυταπάρνηση γιατί γνωρίζω πως θα εργαστείτε άοκνα και στο Ηράκλειο, ως πανάξιος διάδοχος της χορείας Άξιων Αρχιεπισκόπων και Ιεραρχών της Εκκλησίας της Κρήτης που επέλεξαν τον δρόμο της προσφοράς και της θυσίας.
Είμαι βέβαιος, πως θα συνεχίσετε, θα συμπληρώσετε και μεγαλώσετε το έργο που επιτέλεσε ο εφησυχάζων σήμερα, προκάτοχος Σας, γέροντας Ειρηναίος.
Έχετε το σεβασμό, την αγάπη, την τιμή κλήρου και λαού να σας στηρίζουν στο έργο Σας.
Διαθέτετε πλούσια εκκλησιαστική και θύραθεν παιδεία, χαρισματική προσωπικότητα και εξαιρετική συγκρότηση, ευρύτητα οριζόντων, για να διαχειριστείτε τις νέες εποχές των ραγδαίων αλλαγών και ανακατατάξεων, μεγάλη εκκλησιαστική πείρα για να διοικήσετε, δοκιμασμένη αντοχή στις δυσχέρειες, λαμπρή πορεία ενότητας και συναλληλίας στην Ιερά Επαρχιακή Σύνοδο της Εκκλησίας της Κρήτης.
Όλα αυτά, προδιαγράφουν μια νέα πορεία αγόγγυστης και δημιουργικής προσφοράς στον συνάνθρωπο, στην εκκλησία και στην κοινωνία της Κρήτης.
Εύχομαι υγεία και μακροημέρευση.
Άξιος.»