Σε αυστηρό καθεστώς προστασίας εισέρχονται η νήσος Χρυσή και το Μικρονήσι, μία βραχονησίδα που βρίσκεται 700 μέτρα ανατολικά της Χρυσής, στην ιεράπετρα στη νότια Κρήτη, με Κοινή Υπουργική Απόφαση (ΚΥΑ) των υπουργείων Οικονομικών και Περιβάλλοντος.
Η νήσος Χρυσή φιλοξενεί μοναδικής αξίας οικοτόπους, καθώς και σπάνια είδη χλωρίδας και πανίδας, με πλέον εμβληματικό τον αιωνόβιο κέδρο που συναντάται σε μια εκτεταμένη έκταση συνολικής επιφάνειας 350 στρεμμάτων.
Με τη ΚΥΑ καθορίζεται το σχέδιο δράσης για την προστασία, διατήρηση και διαχείριση των οικοσυστημάτων και της βιοποικιλότητας, που διαθέτουν η χερσαία και η θαλάσσια περιοχή γύρω από το νησί, μέσω της θεσμοθέτησης ειδικών όρων και περιορισμών κατά ζώνες, όπως αυτές ορίζονται. Συγκεκριμένα η περιοχή χωρίζεται σε τέσσερις ζώνες προστασίας, τις Α1, Α2, Β και Γ των οποίων η αυστηρότητα των μέτρων φθίνει σε αλφαβητική σειρά.
Στο σχέδιο δράσης προβλέπονται μέτρα για την εξασφάλιση της αρμονικής συνύπαρξης ανθρώπου και φύσης, την αειφορία, τη φύλαξη και την εποπτεία του νησιού, την αυστηρή τήρηση των όρων προστασίας, τη διαχείριση της διακίνησης επισκεπτών στο νησί, την εξασφάλιση των απαιτούμενων υποδομών και τη συντήρησή τους, καθώς και την ενημέρωση και εκπαίδευση των πολιτών.
Ειδικότερα, σε όλη την έκταση των Ζωνών Α1 και Α2 επιτρέπονται η κίνηση και ξενάγηση των επισκεπτών μόνο στα διαμορφωμένα μονοπάτια για περιβαλλοντική εκπαίδευση ή για αναψυχή, η εφαρμογή δασοκομικών μέτρων για τον περιορισμό εξάπλωσης της τραχείας πεύκης, αλλά και η υλοποίηση έργων αντιπυρικής προστασίας και δεντροφύτευσης.
Στη Ζώνη Β προβλέπεται η κατασκευή και λειτουργία ήπιων υποδομών, ενώ στη Ζώνη Γ ισχύουν οι διατάξεις για την προστασία και διαχείριση των περιοχών του Δικτύου NATURA 2000.
Σύμφωνα με την ΚΥΑ, απαγορεύεται η κάθε είδους δόμηση, εκτός μικρών, κατάλληλα χωροθετημένων και προσαρμοσμένων στο περιβάλλον αναγκαίων υποδομών, η θήρα, η εισαγωγή ξενικών ειδών της άγριας πανίδας/ορνιθοπανίδας, η βόσκηση, η μελισσοκομία, η αγροτική καλλιέργεια και η αλιεία με συρόμενα εργαλεία, ώστε να προστατευτούν τα λιβάδια Ποσειδωνίας που απαντώνται στον βυθό γύρω από το νησί.
Για την παρακολούθηση και την εποπτεία της υλοποίησης του σχεδίου δράσης συστήνεται Ομάδα Παρακολούθησης, υπό τον συντονισμό του υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας, με τη συνολική δαπάνη του έργου να ανέρχεται στις 600.000 ευρώ και να καλύπτεται από πόρους της Περιφέρειας Κρήτης.